De la mano de su padre, conoció el fútbol muy de cerca en su natal Rio Cuarto, junto a su hermano menor y amigos empezó a crear un talento de altísimo nivel, que a su corta edad repuntaba en elogios y se visualizaba en el a un futuro crack, fue así como empezó su carrera deportiva en Asociación Atlética Estudiantes de Río Cuarto, y en base a su gran rendimiento y su proyección a futuro, fue y se probo a River Plate, y aunque paso las pruebas en esa ocasión, se devolvió a Río Cuarto al lado de sus padres. Daniel Pasarella meses más tarde llamaría al padre de Pablo para pedirle que trajera de nuevo a su hijo, y fue así como entro de manera oficial a las divisiones inferiores de River Plate.Luego paso a formar parte de las filiales de River Plate y rápidamente se convirtió en el ídolo del equipo. Debutó en primera división el 11 de agosto de 1996 en un equipo plagado de estrellas ya que meses antes habían conseguido la Copa Libertadores de América. Y metió su primer gol el 20 de febrero de 1998 cuando jugaba frente a Rosario Central. En su primer torneo Apertura consiguió meter cuatro goles.
En su paso por las selecciones juveniles de Argentina, fue Campeón Mundial Sub 20 junto con su amigo Juan Román Riquelme. Ocupa el puesto de media-punta o enganche, aunque también se puede desenvolver como segundo delantero.
La temporada 2000/01 fue fichado por el Valencia CF donde tuvo una fácil adaptación al fútbol europeo. Luego del pago de la cifra más alta pagada por el Valencia en su historia, "Pablito" se afianzó instantáneamente en el esquema del técnico Héctor Cuper, fue así como el Valencia consiguió su pase a la final de la Liga de Campeones en Milán, final que perdió por penaltis contra el Bayern de Munich, fue una de las derrotas mas dolorosas según cuenta el propio Aimar. Sin embargo, con la llegada de Rafael Benítez a la dirección técnica del equipo, Pablo se afianzó en el equipo conquistando logros como la copa de la UEFA y dos veces la liga española. El 2002 fue uno de los mejores años en la carrera del jugador, ya que además de que el Valencia obtiene la liga, él se afianza como titular de la selección argentina de cara al mundial de Corea-Japón 2002 con Bielsa, y después del mundial, en los primeros días de Agosto, contrae matrimonio con la novia de toda su vida.
Su primer hijo nace en octubre de 2004 en Valencia. Ese mismo año en un partido contra Ecuador por las eliminatorias mundialistas, Aimar siente un fuerte dolor por una pubalgia solitaria, que padecería a lo largo de varios años y a la postre afectaría fuertemente su carrera. Además de los problemas de salud, bajo el mando de Claudio Ranieri, comienza también a tener notables problemas futbolísticos. Pablo Aimar finalmente sale de la institución valenciana donde vio lo mejor de su carrera.
En el verano de 2006 fichó por el Real Zaragoza, tras un desembolso de 12 millones de euros por parte de la entidad aragonesa, pasando a ser uno de los fichajes más caros en la historia del club e ingresando así en un equipo plagado de compatriotas.
En el primer año en el Zaragoza marcó 4 goles y dio 6 asistencias. En su segunda temporada acabó con 3 asistencias y ningún gol. Pero estuvo lesionado la mitad de la misma y el Zaragoza perdió la categoría. Aimar, una vez que el Zaragoza dejó el máximo circuito decide dejar el equipo y buscar nuevos rumbos. Fue transferido al Benfica de Portugal, conducido por Rui Costa, por la mitad de lo que había costado.
En los primeros días de 2008, a causa de que el jugador solo había podido disputar, debido a las lesiones, la mitad de los minutos ligueros en Portugal con un rendimiento mediocre; el Benfica pidió explicaciones al Real Zaragoza, amenazando incluso con la denuncia ante los comités deportivos alegando una supuesta ocultación de datos en los informes médicos que el equipo maño había entregado al club de Lisboa.
Sin embargo conforme pasaron las semanas Aimar fue entrando en los partidos y durante la segunda parte de la temporada subió un poco su nivel logrando un gol en copa, otro en liga y numerosas asistencias incluyendo un pase de rabona de 40 metros. Debido a su gran nivel actualmente fue convocado por Diego Maradona a la selección Argentina, ante la ausencia de fútbol. Se espera que logré reemplazar la posición que Riquelme dejó vacante luego de su retiro de la selección; la de enganche.

Empezó en su pueblo natal, Pobla Llarga. En 1992 entra en las categorías inferiores del UD Alzira hasta que en 1995 pasó a la cantera del Valencia CF siendo cedido en 1996 al Villarreal CF. En este equipo disputó dos temporadas. Tras la primera de ellas, en segunda división adquirió la experiencia que le faltaba para jugar en primera división. Durante esa época fue uno de los jugadores fijos en la Selección Española sub21. En la temporada de retorno a su club de origen las cosas no le fueron todo lo bien que deseó ya que aunque el entrenador, Jorge Valdano contaba con él, una grave lesión lo mantuvo apartado de los terrenos de juego la mayor parte de la campaña. Tras esta temporada casi en blanco, fue de nuevo cedido al Villarreal C. F., esta vez en primera división, hecho que aprovechó para asentarse definitivamente en la categoría. A su vuelta al Valencia CF, supo aprovechar la lesión de Luis Milla para conseguir la titularidad en el Valencia. Con la llegada de Rafael Benítez al banquillo y junto a Rubén Baraja y Aimar ha formado un centro del campo que ha permitido al Valencia CF la consecución de varios títulos. Se encarga de la recuperación de balones en el centro del campo dando una gran libertad al otro mediocentro para que desarrolle el juego ofensivo del equipo. Sus virtudes en el terreno de juego son la entrega y la lucha aunque no deja de lado la técnica cuando hace falta, dando buen rendimiento como especialista que es del mediocentro defensivo.
En diciembre de 2007 el entrenador Ronald Koeman apoyado por los mandatarios del club le comunica junto a Santiago Cañizares y Miguel Ángel Angulo que no volverá a contar con él el resto de la temporada y que puede buscarse equipo en enero. Además le retira la capitanía del equipo. Convencido de que su situación es injusta el día 2 de enero de 2008 interpone una demanda contra sus directivos que se escudaban bajo el nombre del Valencia CF, demandando al mismo su clausula de recisión 60 millones de euros, que dada la situación del club provocada por la mala gestión de su entonces presidente Juan Soler, supondría la desaparición de la SAD. El juicio se celebra el día 22 de febrero de 2008. Albelda alega que el club le impide ejercitar su profesión, pero a la vez reconoce haber rechazado ofertas de, Chelsea FC y Tottenham Hotspur para salir en el mercado invernal. El día 3 de marzo del mismo año el juez desestima su demanda.2 3 Tras el cese de Koeman vuelve a entrar en las convocatorias. Con el cambio de directiva y con el nuevo entrenador, Unai Emery, el jugador recupera la confianza del club y continua así en la disciplina valencianista, rechazando, al ser preguntado por un periodista, la opción de volver a ser capitan para evitar mas polemicas.

Comenzó a jugar a futbol en la escuela futbolística para niños Alianza Sport, de Rosario. A la edad de 16 años comenzó en las categorías inferiores en la sexta de Boca en la posición mediocentro defensivo. En 2006 Alfio Basile se percató de su habilidad y le permitió entrenar con el primer equipo al cual se sumó un año después con Russo.
Debutó en la primera división argentina el sábado 10 de febrero de 2007 por la primera fecha del Torneo Clausura 2007 argentino contra Banfield, partido que terminó con la victoria de Boca por 4-0.
Previamente, disputó el Campeonato Sudamericano Sub-20 de 2007 celebrado en Paraguay. La Selección de fútbol de Argentina obtuvo el segundo puesto del torneo por detrás de Brasil, logrando la clasificación al Mundial Sub-20 de Canadá de 2007 y a los Juegos Olímpicos de Pekín 2008. En esa competición sufrió una pequeña lesión, pero pudo jugar la fase final del torneo. El periodismo deportivo lo suele considerar como el sucesor de Fernando Gago en Boca. Según el diario La Nación "no le pesó el debut, mostró una gran personalidad, actitud para luchar en el mediocampo y claridad para distribuir la pelota con corrección".1
Debutó en competiciones internacionales de clubes el 14 de febrero en la Copa Libertadores contra el Bolívar de Bolivia, el partido acabó 0 a 0. El 24 de febrero fue expulsado a los 15 minutos del segundo tiempo en el partido contra Independiente, Boca salió vencedor por 3-1.
Éver se ganó un puesto en el equipo de Russo, desplazando a Sebastián Battaglia, y jugando junto a jugadores con experiencia como Martín Palermo, Rodrigo Palacio y Juan Román Riquelme.
El 15 de abril jugó su primer partido Boca Juniors - River Plate, que terminó empatado a un gol. El juvenil de Boca venía rindiendo en gran nivel. Contra River no se lució aunque tampoco fue malo su partido. Se esperaba más en la mitad de cancha. Quitó de a ratos, pero no logró adueñarse del mediocampo. ".2
El 20 de junio se consagró con su club campeón de la Copa Libertadores 2007, jugando las finales contra el Gremio con los resulados 3-0 y 2-0 a favor de Boca.
A principios del año 2008, el Valencia Club de Fútbol, de la liga española, obtuvo su traspaso por 18 millones de dolares para el nuevo proyecto de Ronald Koeman. El propio Éver reconoce que llegar a Europa, y además en un club como el Valencia CF, es lo que siempre había soñado. Tras este joven futbolista, también estaban equipos como la Juventus de Turín, el Atlético de Madrid o el Real Madrid, que tenía una opción preferencial sobre el jugador que no ejerció.
El 13 de enero de 2008 debuta en la Primera División española ante el Atlético de Madrid en el Vicente Calderón.
En agosto de 2008 es cedido por el Valencia CF al Atlético de Madrid, equipo con el cual disputara la fase de grupos de la UEFA Champions League 2008-09.
En Julio de 2009 regresó al Valencia CF, al cumplirse el plazo del préstamo y no ser usada la opción de compra. Una oportunidad para volver a demostrar el gran talento que tiene para jugar al fútbol.
Al comienzo de esta liga (2009-2010), se ha ganado la confianza del entrenador y se ha hecho fijo en el centro del campo del Valencia CF.